宋庆历八年（1048年），福清县建10乡辖50里，后并为7乡36里，平潭编为海上里、海下里，属福清县太平乡。[6]
元代行政区划与宋代相同。
明初，福清分东、西、南、北4隅。正统七年（1442年）南隅分为南上隅、南下隅。成化十八年（1482年）北隅分北一隅、北二隅。嘉靖十一年（1532年）仍为6隅，统36里、15都、112图。平潭境域分属南上隅、北一隅、北二隅、西隅。
清雍正八年（1730年），福清县丞移设于平潭，以候均区、大墩区、坑北区、朴秀区、酒店区、斗门区、庄上区、敖网区、南澳区、芬尾区、北海区、高平区及9个岛屿（东庠、小庠、大练、小练、屿头、塘屿、草屿、吉钓、牛山）析归平潭县丞管辖。[6]
民国元年（1912年）10月至民国14年沿袭清制，划为21区。
民国23年（1934年）3月1日设立区公所，整编保甲，委派保甲长。民国25年（1936年）5月，平潭县分区设署，共设3个区署，辖区范围大体与民国15年（1926年）各区公所所辖范围一致。一区区署设后旺久；二区区署设东昆，民国27年（1938年）迁往西院；三区区署设苏澳。
民国26年（1937年）1月实行政教合一，平潭县3区设24个联保办公处。一区辖潭城、东澳、北苑（流水）、富田（大富）、东庠、大中、君山、东霞、正旺等9个联保；二区辖湖南、北厝、西海、芬尾、仙霞、敖东、塘草等7个联保；三区辖龙泉、玉堂、党堑、沙峰、玉库、苏澳、屿头、双练等8个联保。[6]
民国28年（1939年）9月，国民政府颁发《县各级组织纲要》，整编保甲，撤销联保，平潭县设立15个乡镇分所。
民国31年（1942年）8月，平潭撤销区署，改15乡镇为2镇10乡：潭城镇、苏澳镇、爱群乡、同仁乡、塘草乡、屿头乡、中正乡、中山乡、龙泉乡、潭南乡、复兴乡、潭东乡。将原设15乡（镇）时的平沙乡、中正乡、东庠乡合并成立中正乡；三民乡、新民乡合并成立苏澳镇。[6]
民国32年（1943年）10月平潭县改设2镇、5乡、89保，撤销潭东乡、屿头乡、爱群乡、同仁乡、塘草乡，分别并入潭城镇、苏澳镇、龙泉乡、复兴乡、潭南乡。
民国33年（1944年）7月，平潭县改设潭城、苏澳、潭东、潭南、复兴、龙泉、爱群、中山、中正、东庠、屿头、塘草12乡、91保。民国36年增至92保。
民国38年（1949年）5月6日，平潭人民游击支队攻克平潭县城，13日，经中国共产党闽中工作委员会批准，成立平潭县人民政府，下划潭南区、龙泉乡、君山乡、流水乡、屿头乡、大练乡、苏澳乡、潭城镇、东庠乡、潭东乡10个区乡政府。7月2日，游击队撤离平潭后，国民政府又沿袭旧制划分2镇、5乡、92保。
民国38年（1949年）9月16日，平潭解放。9月23日成立县人民政府。民国38年9月至1950年2月平潭设1镇3区，潭城镇，驻地城关；一区区公所驻地后旺久，管辖范围相当今之芦洋、中楼、流水、东庠、岚城、澳前等乡镇；二区区公所驻地北厝，管辖范围相当今之北厝、敖东、南海等乡镇；三区区公所驻地苏澳，管辖范围相当今之屿头、大练、苏澳、白青、平原等乡镇。
1950年2月至1951年5月设4个区公所，一、二、三区区公所驻地不变，由一区划出1镇6乡成立四区，区公所设潭城镇。
1951年5月设5个区。1952年6月至1956年3月，平潭县设7区，一区辖8乡63村，二区辖6乡74村，三区辖10乡92村，四区辖1镇6乡90村，五区辖6乡44村，六区辖8乡56村，七区辖6乡54村，平潭县共1镇50乡473村。
1956年3月，区乡合并，重新划分为中楼、苏澳、北厝3个区和潭城镇，中楼区辖11个乡，苏澳区辖8个乡，北厝区辖10个乡，潭城镇辖2个乡。
1958年4月，撤区并乡，平潭县重新划分为1镇15乡，分别为潭城镇、湖西乡、敖东乡、芬尾乡、塘屿乡、草屿乡、潭东乡、苏澳乡、国彩乡、平原乡、屿头乡、大练乡、中楼乡、君山乡、流水乡、东庠乡。
1958年8月建立平潭县人民公社，设潭城、平原、流水、敖东4个分社，下辖46个大队。1961年7月人民公社体制变动，平潭县划分屿头、大练、苏澳、平原、中楼、东庠、流水、潭城、潭东、北厝、敖东、南海12个人民公社，辖120个生产大队。1981年11月，从平原公社析出，设白青公社。
1980年4月，潭城人民公社分为城关镇和岚城人民公社，1982年9月改称潭城镇人民政府。
1984年9月撤销公社建制，成立乡镇人民政府，潭东公社改为潭东乡，芦洋农场改为芦洋乡，保留农场单位建制。同年10月苏澳乡改设苏澳镇，12月潭东乡更名澳前镇。
1992年7月22日福建省民政厅批准，撤销北厝乡，设立北厝镇，原管辖区范围不变。1994年12月27日福建省民政厅批准，撤销流水乡，设立流水镇，原管辖区范围不变。
1995年底平潭县设5镇、10乡、194个村民委员会（其中居民委员会6个）、555个自然村（居民区）。
2009年7月，根据国务院《关于支持福建省加快建设海峡西岸经济区的若干意见》精神，福建省委决定设立平潭综合实验区。