明清时期设水南都。
1931年—1934年设水南区苏维埃政府。
1934年水南都改保，设水南、谿南保，为第一区署驻地，属桃溪联保，1939年属古镛镇。
1950年3月设新南乡，属第一区（城关）。
1952年8月，新南乡改名水南乡。
1958年10月，水南乡改大队，属红星（城关）公社。
1959年12月，设水南综合农场，辖6个管区。
1970年11月，与城关公社合并为水南公社。
1979年6月，改水南综合农场。
1998年1月，改为水南镇。