石柱镇清代属合德乡及武平乡的部分地。
1956年9月石柱、江瑶、下杨、俞溪头四个乡属石柱镇；1958年9月石柱区改称为跃进公社（后改八一公社），下辖新楼、舟山、前仓、新店、石柱、俞溪头管理区；1959年3月，石柱公社分设为新新公社和石柱公社。
1961年调整公社规模，本地分属石柱区的石柱公社、俞溪头公社；1984年改称为石柱乡、俞溪头乡；1985年石柱乡改为石柱镇：1992年撤、扩、并，俞溪头乡并入石柱镇。
2001年7月区划调整后，与舟山、前仓、新店等乡镇并入重新设置石柱镇；2006年5月全市区域再度调整，由原石柱管理处和新店管理处的部分组建石柱镇，名称沿用至今。