乐清市地处浙江东南沿海的瓯江口北岸，西北为雁荡山山脉，东南为海积平原，地势自西北向东南倾斜，陆地面积1385平方公里，海域面积284.3平方公里。境内河（溪）流众多，河（溪）流皆源于西北山区，短而流急，流向东南，注入乐清湾。乐琯运河和乐虹运河横贯南部，连接众多河道，构成虹桥、乐成、柳市三块水网平原。
山脉
有西北部的雁荡山山脉、中部横亘的白龙山山脉、西南部的白石山（中雁荡山）山脉。雁荡山系括苍山南缘支脉，总面积203平方公里，距今1.28—1.08亿年，由破火山演化而成，呈东北向西南走向，主峰百冈尖海拔1056.6米；雁荡山虽属低山区，但锐峰飞瀑造型奇特、神韵优美、意境深邃，是中外驰名的国家5A级风景名胜区，2005年被联合国教科文组织评为世界地质公园。白龙山自永嘉与乐清界上的正江山向东延伸，然后转南直至流入乐清湾，其范围包括清江以南、淡溪以北，主峰海拔716米，次高峰山顶岩石裸露，次第排列，风光独秀。白石山（中雁荡山）位于市境南部，自淡溪向西南延伸，分两支，东支跌宕起伏没入乐清湾，西支回环至磐石没入瓯江；道士岩海拔457米，是中雁荡山风景的中枢，远眺海天相接，俯视湖光山色相映成趣，分外迷人。
溪流、运河
市境共分大荆、清江、虹桥、乐成、柳市五大水系，总长1034公里，水面面积1997万平方米，蓄水量4069万立方米，年均径流总量13.78亿立方米。
大荆溪亦名蒲溪，由仙溪、双峰溪、东林溪汇集流入乐清湾，主流长32公里，流域面积330平方公里。清江古名柽江、芙蓉港，汇集黄金溪、前垟溪、筋竹溪之水流入乐清湾，主流长30公里，流域面积76平方公里。白石溪，白石山之水流入钟前和白石水库下泄，与白象、柳市二河相接，长16公里，流域面积68.1平方公里。
乐琯运河，汇集金溪、银溪之水，东连乐虹运河，西通温州瓯江，河长28.8公里，平均河宽38米。乐虹运河，乐成至虹桥，河长21.4公里，平均河宽27米。柳市河自白石溪起，向东南流经湖头，至柳市镇与乐琯运河汇合到三条桥分成凰屿河、白浦河、泮垟河，后分别入瓯江；慎江水闸重建后，主流与乐琯运河汇合，入瓯江。柳市河全长14.6公里，平均河宽56.4米，蓄水量241万立方米。瓯江是浙江省第二大河，流经瓯海灵昆岛分汊，其北汊在琯头入境，经乐清市境南侧至岐头山入温州湾，属感潮河段，俗称瓯江北口，是温州港的主航道，境内段长约14.2公里，江面宽1.3公里。七里港近岸深槽长6公里，水深11米左右，建港条件优越。
平原
分沿海平原和溪谷平原。沿海平原主要有虹桥、乐成、柳市三大平原。虹桥平原：位于市境中部，三面环山，南端敞开与乐清湾相接，长约11公里，宽约8.5公里，面积约63平方公里。乐成平原：地处虹桥平原之南，西边依山，东濒乐清湾，长约10公里，宽约5.5公里，面积约35平方公里。柳市平原：位于瓯江口北侧，东傍乐清湾，西、北部依山，长约16公里，宽约15公里，面积约113平方公里。溪谷平原沿溪流下游分布，规模小，形态受溪流制约，成因属洪水冲积，主要分布在四都、淡溪、芙蓉、大荆等地，面积小者4平方公里，大者10平方公里，均以旱地为主。
乐清湾
位于浙江东南部、瓯江入海口北侧，东侧是玉环市，西岸是乐清市，湾顶为温岭市，湾口是洞头区各岛屿，乐清湾海域总面积463.6平方公里（其中属乐清市管理面积为284.3平方公里），乐清市海岸线总长159.88公里，有20.16万亩滩涂面积，是浙江省蛏、蚶、牡蛎三大贝类的养殖和苗种基地。
乐清湾有大小岛屿14个（乐清境内岛屿9.5个），明礁8处，暗礁1处，是雁荡山山脉延伸部分海侵后形成。白沙岛、西门岛、小横床岛常年有人居住，其他为无人岛。西门岛：面积6.37平方公里，主峰海拔398.6米，为乐清市最大岛，有4个行政村、20个自然村。