莲花镇现域，按南宋淳熙《严州图经》记载，其时（1174—1189）为建德县慈顺乡属地；宋末推行都图制后，为建德县十四都属地；清雍正六年（1728）为建德县莲花庄、西塘庄属地。
1912年，为建德县光华区属地。
1932年，设置莲花乡。
1935年，完成乡镇整顿后，为莲花乡、莲花里乡属地。
解放前后，属莲花乡。
1950年划建小乡后，为莲花乡、洪坑乡属地。
1956年并乡后设莲花乡。
1958年底属洋溪公社；1960年2月属新安江公社。
1961年设置莲花公社，1983年改为乡，1994年9月21日撤乡建镇。