宋代为永丰乡栖鹤里，元、明照旧。
至清康熙十二年（1673），为江南永丰乡栖鹤里。
清光绪年间（1875—1908），为西南区栖鹤十三庄（小臧村以北）、栖鹤十四庄（珠坑口以南）。
清宣统二年（1910），为景山乡南境，民国初承沿清制。
1935年，以横槎至上、下南坞为栖鹤一乡、山毛坞口东则为亲贤第一乡。
1944年，亲贤第一乡改名新化乡。
1946年10月4日，栖鹤一乡、栖鹤二乡、新化乡合并为栖鹤乡。
1950年，设下干乡（下干以西）、新华乡（小臧村以东）、栖鹤乡（梅洲以北）、石马乡（路西以南）。
1956年3月，栖鹤、下干、新华、石马四乡合并为湖源乡。
1958年10月，成立湖源公社。
1981年11月，湖源公社一分为三：析建湖源、窈口、栖鹤三公社，原栖鹤片之中溪、下溪、梅洲、寺口划入湖源公社。
1984年3月，撤社复称湖源乡、窈口乡，栖鹤乡。
2001年8月，窈口乡并入湖源乡。