淳安县历史悠久，在新石器时代就有人类活动。
春秋属吴、越战国属楚、秦时为歙县(现安徽)辖地。
东汉建安十三年（208），孙权遣威武中郎将贺齐击山越，分歙县东之叶乡置始新县，分歙县南之武强乡置新定县，此为淳安、遂安建县之始。
西晋太康元年（280）改新定县为遂安县。
隋开皇九年（589）改始新县为新安县,并遂安、寿昌县入新安县。
仁寿三年（603），遂安县从新安县分出复立。
大业三年（607）改新安县为雉山县。
唐文明元年（684），复改雉山县为新安县。
开元二十年（732）改新安县为还淳县，唐永贞元年（805），避宪宗李纯名讳，改还淳为青溪县。
北宋宣和三年（1121），改淳化县为淳安县。
1958年10月，淳安、遂安两县合并为淳安县。
三国吴置新都郡，以始新县治为郡治。
西晋太康元年（280），易新都郡为新安郡，县治仍为郡治。
隋开皇九年（589）置郡置州，属婺州。
仁寿三年（603）置睦州，县为州治并属之。
唐武周神功元年（697），睦州治所始迁建德县治。
北宋宣和三年（1121），改睦州为严州，咸淳元年（1265）改为建德府，隶属未变。
元时，淳安、遂安属建德路；明、清属严州府；1912年属浙江省；1914年属金华道；1935年属第五行政督察区；后又多次变更，至1949年，淳安、遂安两县改隶第四行政督察区。
解放后，初属建德专署，1950年撤建德专署，改属金华专署，1955年划归复设的建德专署。
1958年撤建德专属，淳安属金华专属。
1963年，淳安县划属杭州市。
两县均建置于208年，为划徽州歙县东乡、南乡而设，时称始新县和新定县。
新定县于280年改名遂安县。
始新县名几经更迭，于1131年定名淳安县。
1958年10月，撤销遂安县，并入淳安县，名称一直沿用至今。