解放前属新抚乡第三保，1949年解放，1950年为新抚区第三行政村，1953年在南京街建立南京乡政府，驻地南京街，1958年冬划归古城公社为南京管理区，1962年为南京公社，1968年改为南京大队，1984年春体制改革改为南京乡，1988年3月撤区建乡，改为南京行政村，2000年12月村改委改为南京村民委员会，2012年12月28日，经云南省人民政府批准撤销古城乡，设立古城镇，为古城镇南京村民委员会至今。