两汉时期，贡山属越嶲郡边缴地。
唐南诏时期属剑川节度。
宋为谋统郡管辖地。
元受丽江木氏土司和丽江路军民总管府管辖。
清乾隆年间，一度被划为南北两段，北部受西藏察瓦隆土司管辖；南部受维西康普、叶枝两土千总管辖。
清雍正元年（1723）丽江木氏土司“改土归流”后直属维西厅。
光绪三十三至三十四年（1907～1908）兼管怒俅两江的阿墩子弹压委员夏瑚将菖蒲桶（今贡山）所属地划为一、二、三、四、五区。
十六甲、八十八牌，分别委派保董，甲长、牌长以约束。
1912年进驻怒俅殖边队后，受兰坪营盘街“殖边总局”管辖。
1913年设立菖蒲桶行政委员会。
1918年称维西厅贡山县佐区。
1916按东、西、南、北、中将菖蒲桶行政委员划分为五个保董。
1918年改称为茨开县佐。
1922年恢复菖蒲桶行政委员会。
1933年改称贡山设治局。
1950年3月1日成立贡山县政务委员会。
1952年改为贡山县人民政府。
1956年10月1日成立贡山独龙族怒族自治县，名称沿用至今。