明代，“个旧”为蒙自县之个旧村。
清光绪十一年（1885）设个旧厅，隶临安府。
1912年，个旧厅改隶蒙自道。
1913年个旧厅改县，仍属蒙自道辖区。
1928年11月，蒙自道撤销，个旧县直属省管。
1950年12月16日，成立个旧县人民政府。
1951年1月，改个旧县为省辖市，下辖宝华、湾子、新山、古松、新民5个区。
1958年，个旧市划归红河哈尼族彝族自治州管辖，同时红河州党政机关迁驻个旧市，下辖火箭、钢铁、卡房、贾沙、锡都5个人民公社及两城区街道办事处。
1962年，改人民公社为区，全市下辖宝华、老厂、大屯、卡房、贾沙5个区及乍甸公社。
1970年，各区统一改为人民公社。
1978年，全市辖锡城、贾沙、卡房、老厂、大屯、乍甸、保和、鸡街、沙甸、倘甸10个人民公社，73个大队和2个街道办事处，街道办事处下辖15个居民委员会。
1980年7月，锡城人民公社的城镇部分划出成立宝华镇。
1981年8月，卡房人民公社划为卡房、黄草坝2个公社。
1984年3月，宝华镇改为市政府的城区办事处，各人民公社均改为区公所。
全市政区共11个区、1个区级办事处，下辖73个乡（含5个民族乡），5个乡级镇。
同年，建水县邦干新寨乡划归个旧市的乍甸区。
1988年，除沙甸、黄草坝仍保留区外，改建为3个乡、5个镇、2个乡镇级办事处，并将原来的乡镇改建为村公所和村办事处。
同年，经云南省人民政府批准，个旧市国民经济和社会发展计划在省单列，行使地州级管理权限。
1994年，撤销锡城办事处，建立锡城镇。
2003年，红河州党政机关迁驻蒙自县。