明洪武十五年（1382年），属楚雄县坝区八里之吕合。
清乾隆四十三年（1778年），属军西、民北界。
清宣统元年（1909年），改界为区。
民国二十五年（1936年），属五区。
民国二十八年（1939年），属清廉乡。
1949年12月9日，楚雄和平解放。
1950年1月，改为区；同年6月，改为乡属三区。
1952年，属大石铺区。
1958年3月，撤销大石铺区；同年10月，属前进公社。
1961年3月，属前进区。
1966年10月，设吕合公社。
1968年6月，改名东风公社，驻马家庄。
1971年3月，牟定县新庄大队划归东风公社。
1980年12月，复名吕合公社。
1984年4月，改为吕合区。
1988年2月，改吕合镇。