7世纪中叶松赞干布任内，统一西藏建立吐蕃政权，穷结属约茹管辖，在其境内设有雅隆东迪和青龙域参。
9世纪中叶后，吐蕃陷入分裂割据，穷结由聂氏合库氏等地方势力统治。
13世纪，元朝及萨迦政权时期，穷结地方属雅桑万户辖区。
14世纪中叶，帕木竹巴政权在琼结设穷结达孜宗，简称穷结宗。
清乾隆十六年（1751），穷结宗归西藏地方政府管辖。
1912年，西藏地方政府将穷结宗划归洛喀基巧管辖。
1956年10月，设立穷结办事处。
1957年5月，撤销办事处。
1960年1月，经国务院批准，撤销穷结宗，设立穷结县，隶属山南专区。
1989年，穷结县更名为琼结县，隶属山南地区。
2016年1月，撤销山南地区，设立地级山南市，琼结县隶属山南市。