1965年7月经自治区筹备委员会批准，设立黑河镇。
同年11月黑河县更名为那曲县，黑河镇更名为那曲镇。
1969年那曲镇经国务院批准，所辖各居委会改称为人民公社。
1984年全区政社分开，建立乡政府中，那曲镇所辖各人民公社复称为乡或居民委员会。
1989年6月全区撤区并乡中，保留那曲镇；将其原辖的第一、第二居民委员会合并为第一居民委员会；第三、第四居民委员会合并为第二居民委员会。
1999年全区行政区划调整中，保留那曲镇，将其原辖的2个居委会调整为3个居委会。
2019年新设立5个居委会。