明代时期，帕竹地方政权在乃琼镇始设觉木隆寺。
清代时期，噶厦在该镇设有37个谿卡。
1959年3月，设岗德林、乃琼、色玛、加热、加木、波玛6个乡农民协会；同年11月，成立乃琼区。
1961年6月，改6乡农民协会为乡1968年7月，改6乡为公社。
1969年10月，改乃琼区人民政府为乃琼区公所。
1987年5月，改称乃琼区人民政府；同年11月，将该乡分设为乃琼、加热2乡。
1993年5月，2乡合并成立乃琼镇。
2019年，撤镇设街道。