9世纪中叶，吐蕃陷入分裂割据，巴青地方由当地头人尊多尼玛竹扎管理。
阿里地区的琼布族迁至巴青区，琼布族崛起，形成藏北“四大部落”之一。
13世纪，巴青属元朝皇帝册封的霍尔王辖地，成为霍尔三十九族部落之一。
霍尔王住巴青，使该地成为霍尔三十九族的统治中心。
约在元至元十七年（1280），元廷从区域上将巴青划入“吐蕃等路宣慰使司都元帅府”。
明崇祯十五年（1642），噶丹颇章政权建立后，巴青归固始汗氏族统治。
清乾隆十五年（1751），清廷平息珠尔默特那木扎勒之乱后，将巴青在内的三十九族地区划为驻藏大臣衙门直接管辖。
清宣统三年（1911），巴青等三十九族地区由西藏地方政府接管。
1916年，西藏地方政府设置三十九族地区总管，总管府设在丁青。
1941年，西藏地方政府撤销“霍尔基巧”，巴青归“羌基巧”管辖。
1951年8月，昌都地区人民解放委员会第一办事处成立，巴青宗隶属其管辖。
1960年1月，经国务院正式批准，撤销巴青宗，设立巴青县。
2017年7月，国务院下达《关于同意西藏自治区撤销那曲地区设立地级那曲市的批复》（国函〔2017〕109号），巴青县属那曲市管辖。