7世纪前，黎聂秀在此地自称为王，自称象雄阿巴尔，后发展为象雄部落联盟，古象雄地域分为里、中、外三大区域，今阿里地区为腹心地带。
唐贞观十八年（644，藏历木龙年），雅砻悉补野第三十二代赞普松赞干布攻打象雄，使之归入吐蕃。
唐会昌二年（842，藏历水狗年），吐蕃政权末代赞普死后，其后裔吉德尼玛衮在宫廷中失败，逃至阿里地区，建立了一个小王朝，吉德尼玛衮将阿里地区分封给3个儿子，其中古格王国即第三子祖德衮的封地。
11世纪，古格王拉德将辖区内的协尔等三地赠给大译师仁钦桑布。
南宋嘉定十一年（1218，藏历第四饶迥土虎年），阿里归属蒙古国。
元至元十七年（1280，藏历第五饶迥铁龙年），元朝始设乌思藏纳里速古鲁孙等三路宣慰使司都元帅府。
明洪武八年（1375，藏历第六饶迥木兔年），明朝设俄力思军民元帅府。
正统五年至明成化六年（1440至1470年，藏历第七饶迥铁龙年至藏历第八饶迥铁虎年）间，古格一度被拉达克占领。
崇祯三年（1630，藏历第十一饶迥铁马年），古格王朝覆灭，阿里地区受拉达克统治。
清康熙二十年（1681，藏历第十一饶迥铁鸡年），噶丹次旺率蒙藏部众进兵阿里，康熙二十二年（1683），阿里全境归附西藏地方政府，由噶丹次旺管理。
康熙二十二年（1683，藏历第十一饶迥水猪年），西藏地方政府在噶尔昆沙设立堆里噶本。
1915年（藏历第十五饶迥木兔年），西藏地方政府在日土、达巴等地设立察肖。
1951年，和平解放西藏后，设阿里噶本。
1954年，设立阿里总管。
1956年，设立阿里基巧办事处。
1960年，经国务院批准，设立阿里专区。
1969年12月，中央依据西藏建议，批准阿里专区交由新疆维吾尔自治区代管，行政区划仍属西藏。
1970年11月，阿里专区更名为阿里地区。
1979年3月，中央决定，阿里地区恢复由西藏自治区管理。