古代曾为塞人、乌孙人、突厥人、回鹘人、蒙古人等游牧民族栖居之地。
汉属西域都护府辖治。
清代为蒙古族厄鲁特营下五旗游牧地，直隶于伊犁将军府。
清乾隆三十年（1765），设厄鲁特领队大臣；光绪十四年（1888），置绥定和宁远二县，巩留划为宁远县境。
1932年3月24日，巩留正式建县，隶属伊犁行政区。
1940年9月，全县划为5个区，有莫乎尔区、伊勒格代区、县城区、察布查尔区、哈什圩孜区。
1950年，隶属伊犁专区，全县下设3区、17乡。
1954年，分为4个区，隶属伊犁哈萨克自治州。
1958年，全县辖4个公社，下设19个生产大队。
1963年，全县辖7个公社、22个生产大队。
1981年全县设1镇6社，1984年社改为乡，辖1个镇、7个乡、5个国营农牧场，设有42个村民委员会和6个居民委员会。
2015年，经撤乡建镇工作以来，，全县5个镇、3个乡、5个场。