西汉神爵三年（前59）隶属西域都护府管辖。
唐属疏勒都督府。
清代为英吉沙尔直隶厅蒲犁分防厅所辖。
1954年8月，阿克陶正式建县，由喀什专区的英吉沙县19个乡、疏附县3个乡、蒲犁县和塔什库尔干塔吉克自治县7个乡、克孜勒苏柯尔克孜自治州的乌恰县2个乡共31个乡组成，隶属于克孜勒苏柯尔克孜自治州。
1956年2月，英吉沙县巴仁七区划归阿克陶县。
1977年1月，阿克陶县划归喀什地区。
1980年7月复归克孜勒苏柯尔克孜自治州管辖。