西汉时，属西域三十六国之一的尉头国，隶属西域都护府。
魏晋南北朝时期，尉头并入龟兹国。
唐在古尉头国地置尉头州，隶属龟兹都督府。
元朝为察哈台后王之封地。
明末至清初属叶尔羌汗国统治，后属准噶尔。
清乾隆二十四年（1759），置乌什办事大臣，布鲁特（柯尔克孜）游牧的哈克夏勒（古尉头，今阿合奇）地区与邻近的乌什地区合并归其管辖。
清光绪九年（1883）置乌什直隶厅，属阿克苏道。
1913年改乌什直隶厅为乌什县，隶属阿克苏道。
1940年8月，阿合奇正式从乌什县划出单独设县，初称设治局，治所在阿合奇（今哈拉奇乡阿合奇村）。
1941年8月，设治局从阿合奇迁至吾曲（即今县城阿合奇镇）。
1944年升格为阿合奇县。
1950年4月25日，阿合奇县人民政府成立，属阿克苏专员公署。
1954年7月，划归克孜勒苏柯尔克孜自治区（1955年改称自治州）。