古称“巴公原”。
相传为春秋巴子城。
隋唐时，巴公地区先属建州丹川县，后属晋城泽州县，一直延续至清。
直到清雍正6年（1728），泽州升州为府，府置郡凤台县，巴公地区属凤台县。
1914年废泽州府，改凤台县为晋城县，巴公地属晋城县所领。
抗战前为晋城县五区区公所驻地。
1945年解放后，为晋城县二区区公所驻地。
1953年，划为巴公、来村、渠头、东四义、北郜、北堆6个乡。
1956年，并为巴公、北郜2个乡。
1958年，建立巴公红旗人民公社。
1962年，划出大阳、陈沟部分，改称巴公人民公社。
1984年改为巴公镇。
1985年归属晋城市郊区（今泽州县）。
2001年撤并乡镇时，原陈沟乡并入巴公镇至今。