清嘉庆七年（1802年），设定远厅东乡从政里偏溪河地。
民国三年（1914年），设镇巴县东区偏溪河村。
民国二十五年（1936年），设偏溪河联保2、3保。
民国二十九年（1940年），设观音乡8保。
1950年，设观音区巴庙乡。
1958年12月，设巴庙管理区。
1961年，成立巴庙公社。
1966年12月，更名为光华公社。
1979年3月，仍复称巴庙公社。
1984年5月，改设巴庙乡。
1996年5月，将小河、庙溪、巴庙、吊钟岩乡合并设为巴庙镇。