地境原南部属上海县，北部属宝山县。
光绪二十五年（1899），吴淞江以南今胶州路以东地域被扩占为公共租界。
1927年，南北两部地境分属法华、闸北、彭浦、真如、蒲淞等区。
1943年8月，日伪政权在全市设立30个警区，区境内建立第十三警区。
1945年抗日战争胜利，12月15日将全市按警区设置行政区，设立第十三区，又名普陀区。
1947年1月，取消序数区名，称普陀区。
解放后行政境域历经多次调整，至2009年1月起成今状。
地名沿用至今。