本县行政区划屡经变更。
崇明五代初设镇，宋时建场，元时建州，明代设县，以后建置基本未变。
明正德年间（1506-1521年）设城廓周围乡村和东仁、西义、道安等乡，下辖东南、东北、西南、西北、西沙南区和西沙北区6个区、110里。
清康熙年间（1662-1722年）仍设4乡，下辖6区、110里。
雍正年间（1723-1735年）县以下设4乡，辖28区，其中东仁乡辖响沙上区、响沙中区、吴家沙区、仙景沙区、南沙下区、箔沙上区、箔沙中区、箔沙下区、联福沙区、高头沙区等10区；西义乡辖小团沙区、孙家沙区、新镇沙上区、东阜沙区、平洋沙区、半洋沙区、永兴沙区等8区；道安乡辖长沙上区、长沙下区、南沙中区等3区；德宁乡辖响沙下区、袁家沙区、东三沙区、永宁沙西区、永宁沙东区、仙景沙中区、仙景沙下区等7区，后在城区又增设长沙中区。
1912至1928年设城市、堡市和25个乡。
1928年3月1日外沙10个乡划出另设启东县。
1929年8月设7个区，下辖21个镇、119个乡，其中一区（中央区）辖2个镇、20个乡，二区（丰安区）辖4个镇、17个乡，三区（新庶区）辖1个镇、16个乡，四区（东堡区）辖5个镇、15个乡，五区（东乐区）辖1个镇、18个乡，六区（西安区）辖5个镇、20个乡，七区（西平区）辖3个镇、24个乡。
1934年7月设5个区，下辖10个镇、86个乡，其中一区辖2个镇、24个乡，二区辖2个镇、18个乡，三区辖2个镇、19个乡，四区辖2个镇、19个乡，五区（即嵊泗列岛）辖2个镇、8个乡。
1938年4月本岛沦陷，全县划为4个分区（原五区不归本县管辖），下辖3个镇、68个乡，其中第一分区辖2个镇、21个乡，第二分区辖19个乡，第三分区辖1个镇、13个乡，第四分区辖15个乡。
1945年9月设5个区和2个镇区，下辖4个镇、89个乡。
其中一区辖1个镇、24个乡，二区辖1个镇、17个乡，三区辖19个乡，四区辖21个乡，五区（嵊泗复归本县管辖）辖2个镇、8个乡。
1946年7月仍设5个区和2个镇区，下辖4个镇、47个乡，其中一区辖11个乡，二区辖1个镇、7个乡，三区辖8个乡，四区辖1个镇、13个乡，五区不变。
1946年12月第五区（嵊泗）划出，改为省辖特别区。
1947年5月设4个区、2个县属镇，下辖1个区属镇、20个乡。
其中一区辖5个乡，二区辖5个乡，三区辖1个镇、4个乡，四区辖6个乡。
1949年6月设4个区、2个镇，下辖21个乡。
其中一区辖5个乡，二区辖5个乡、三区辖5个乡，四区辖6个乡。
1949年12月14日原属本县第五区的嵊泗列岛划归江苏省辖特别区。
1950年4月设8个区、2个县属镇，下辖3个镇、67个乡。
其中三星区辖6个乡，庙镇区辖1个镇、6个乡，城桥区辖10个乡，长兴区辖8个乡，新河区辖1个镇、12个乡，堡镇区辖6个乡，向化区辖10个乡，陈镇区辖1个镇、9个乡。
1952年7月设11个区，下辖3个镇、107个乡，其中三星区辖10个乡，庙镇区辖1个镇、12个乡，城北区辖16个乡，长兴区辖13个乡，新河区辖1个镇、10个乡，竖河区辖9个乡，堡北区辖10个乡，向化区辖13个乡，陈镇区辖1个镇、14个乡。
1956年2月设4个区和2个县属镇，下辖3个镇、46个乡。
其中庙镇区辖1个镇、11个乡，城北区辖11个乡，新河区辖1个镇、11个乡，向化区辖1个镇、13个乡。
1957年9月撤区并乡，设2个镇和23个乡。
1958年9月，23个乡改为人民公社，区划不变。
1958年12月设2个镇、10个人民公社。
1959年5月设3个镇、26个人民公社。
1959年后经过围垦先后建立8个市属国营农场和2个军垦农场。
1984年3月政社分设，人民公社改为乡，崇明岛设有26个乡、2个县属镇、8个市属国营农场和2个军垦农场。
1994年开始撤乡建镇，至1997年3月底设20个镇、5个乡。
2000年开展乡镇级行政区划调整，至年底设13个镇、1个乡。
2005年5月18日经上海市人民政府报请国务院批准，原属上海市宝山区的长兴、横沙两个乡行政区域整建制划入崇明县，崇明县设13个镇、3个乡。
2008年8个市属国营农场行政管理属地化，建立东平镇、新海镇2个镇，至年底设15个镇、3个乡。
2009年长兴乡撤乡建镇。
2016年6月，经国务院批准，同意撤销崇明县，设立上海市崇明区。