东平镇前身是上海市东平地区社区管理委员会，在这之前又称上海市长江地区社区管理委员会，由原上海市长江农场、前进农场2个社区组成，1959年冬至1964年间先后四次围垦，分别建立东平农场、静安区畜牧场、南市区畜牧场和市工业机关畜牧场；1959年12月县围垦东平沙后，建立东平农场；1960年10月上海市杨浦、闸北两区相继在此围垦并建立畜牧场；1963年7月东平农场划归市农垦局，同年11月杨浦、闸北两畜牧场合并成立上海市三沙洪农场；1963年底3个畜牧场合并为百万沙农场；1963年10月两场合并为上海市大新沙农场；实行经济体制改革后，全场设农牧、工业、建筑和生活服务4个公司，下辖46个单位，其中农牧14个、工业21个。
1965年5月东平农场的一、二大队及三大队的部分生产队并入百万沙农场；1966年秋百万沙农场改名为东方红农场；1966年10月改名为前进农场。
1972年7月1日改为长江农场；长江农场：长江农场位于崇明岛北沿中部。
1984年实行体制改革，撤销4个农业管理区，兴办73个家庭农场。
该场原为东平沙，出涨于40年代末；1965年5月东平农场西部与三沙洪农场合并，仍称上海市东平农场，翌年10月更名上海市东风农场。
前哨农场：前哨农场地处崇明岛东端。
前身为东旺沙。
2001年4月经上海市农场管理局批准建立，也是该局系统内部最早进入政企分设的2个试点单位之一。
2002年12月25日上海市长江地区社区管理委员会经上海市农场管理局批准更名为上海市东平地区社区管理委员会。
2003年6月18日在上海市农场管理局对所属农场（社区）归并调整中，原上海市东风农场社区并入上海市东平地区社区管理委员会所辖区域管理。
2004年12月底原上海市前哨农场社区并入上海市东平地区社区管理委员会所辖区域管理。
至此上海市东平地区社区管理委员会就由原上海市东风农场、长江农场、前进农场、前哨农场4个社区组建而成。
前进农场：前进农场位于崇明岛北沿中部。
东风农场：东风农场位于崇明岛北沿西部。
2008年7月24日经光明食品集团和崇明县委县政府批准，组建东平社区政务移交小组，启动在崇市属国营农场政务移交并纳入属地化管理的前期运作。
2008年8月6日经上海市政府批准，建立崇明县东平镇，同年9月26日成立镇政府筹建组，年前召开镇第一次人民代表大会，选举产生镇政府领导班子。
2009年1月6日东平镇党委、人大、政府正式挂牌成立。
使用至今。