扶余历史悠久，先秦时期，这里是古濊貊人世代繁衍生息之地。
西汉初期，濊貊建立了中国东北地区第一个地方民族政权——夫余国（今扶余地方为其属地）。
勿吉灭夫余后，为勿吉伯咄部居地。
渤海时属夫余府，辽属宁江州，金时分属上京路隆州府利涉县和会宁府会宁县。
元朝属辽阳行中书省开元路，明朝曾在此地设置撒叉河卫，明朝后期，科尔沁蒙古人占据这里。
后金立国后，在此立官军队站，称伯都讷站。
清康熙三十一年（1692年），设副都统衙门，移吉林副都统于此，称伯都讷副都统，驻伯都讷旧城（伯都讷兵站址）。
次年建伯都讷新城（今松原市宁江区江北市区中心地带），徙副都统衙门于此。
雍正四年十二月（1727年1月），添置长宁县，理民务，隶奉天府尹，副都统衙门专理旗务。
嘉庆十五年（1810年）置伯都讷厅，辖区为今宁江区（江北部分）、扶余市、榆树市。
光绪三十二年（1906年）撤伯都讷厅，更名为新城府，隶西北路道，与榆树分治，辖区为今松原市宁江区（江北部分）和扶余市。
宣统元年（1909年），裁副都统，结束旗民分治。
1913年，改新城府为新城县，设公署，长官称县知事。
1914年4月，因与外省几县重名，遂以此地为古夫余立国之地更名扶余县，隶吉林省滨江道，改县公署为县政府、县知事为县长。
1929年，全国取消道级建置，扶余县直隶于吉林省。
1931年“9·18”事变后，日军占领吉林省，11月，在扶余县成立伪“自治指导委员会”，建立伪政权。
1932年3月，伪满州国成立，7月公布“县官制”，县政府改称县公署，设县长和县“自治指导员”（日本人任）。
1934年，自治指导员改称县参事官。
1934年12月，东北划为10省，扶余仍隶于吉林省。
1945年8月，东北光复，苏联红军进驻扶余。
11月1日东北人民自治军（后改东北民主联军）嫩江纵队长白支队进驻扶余。
1946年2月，成立扶余县政府，隶于西满局吉江区行政主任公署，6月改属嫩江省第四专署。
1947年2月，黑龙江与嫩江两省合并，扶余县改属黑嫩省委四专署，10月，黑嫩两省分开，属嫩江省。
1949年4月，经东北政委会决定，划归吉林省，5月，县政府改称县人民政府。
中华人民共和国成立后，扶余县仍属吉林省。
1955年2月，属吉林省怀德专区（1956年10月6日，国务院[56]罗字第108号批复，将怀德专员公署改为公主岭专员公署），12月，县人民政府改称县人民委员会；1958年9月，改称县人民公社联社。
11月，扶余县归白城地区。
1959年4月，恢复县人民委员会。
1968年7月，成立县革命委员会，设主任、副主任。
1980年9月，县革委会改称县人民政府，县革委会主任、副主任改称县长、副县长。
1987年11月撤县，变为扶余市（县级），仍隶于白城地区。
1988年6月23日，吉林省委、省政府从建立吉林省第二个石油化工城、建立吉林省中西部中心城市的设想出发，决定建立前扶开发建设办公室，1991年4月29日，建立前扶经济开发管理区，地级建制，隶属省政府，辖前郭尔罗斯蒙古族自治县、扶余市。
1991年4月，在前郭县和扶余市的基础上，成立前扶经济开发管理区，扶余改隶前扶开发管理区。
1992年7月，松原市成立，扶余市改为松原市扶余区，隶属松原市。
原属前郭县的镇郊乡（前郭县镇郊乡大部和大里巴乡两个村划归扶余区后改称兴原乡），毛都站镇和原前郭镇属的6个街道，胜利、民主、育才3个街道的23个居民委员会合并为3个街道，划归扶余区辖。
扶余从清初设治以来第一次跨江而治，下辖35个乡镇、10个街道、两个国营农场。
1995年7月，经国务院批准，重新设立扶余县。
12月，县政府移驻三岔河镇，仍隶属松原市。
下辖26个乡镇、1个国营农场和2个灌区。
2005年撤并乡镇，2006年社里乡划归松原市，扶余下辖乡镇由26个缩减为17个。
2013年1月24日，撤销扶余县，设立扶余市，以原扶余县行政区域为县级扶余市的行政区域。
扶余市由省直辖，松原市代管。