清朝末年，为三水区，辖三标、水源两个堡。
民国二年（1913年）冬，改三标堡为三标乡；民国十九年（1930年），成立三标区苏维埃政府；民国二十四年（1935年），复称三标乡。
中华人民共和国成立初期，称第七区（含三标、水源、长安）；1950年冬，撤销第七区，将原辖水源划入澄江区辖，将三标、长安划入城、关区辖；1951年，恢复三标区，复辖三标、水源、长安3乡；1958年，成立三标公社，辖三标、长安；1965年11月，三标公社转为国营三标综合垦殖场；1970年，复为三标公社；1984年，成立三标乡，划出长安另立乡；2000年1月，撤销长安乡，建制并入三标乡。