修水县置县历史悠久。
商代，属艾侯国，艾立都于今渣津镇龙岗坪。
春秋战国，为艾邑域地，先后属吴、越、楚。
秦，属九江郡。
西汉高帝六年（前201），设艾县，属豫章郡。
新莽时，改治瀚，东汉光武时，复名艾县；中平时，设西平县，治今全丰镇。
建安四年（199），设西安县，治今宁州镇黄田里，艾、西平、西安3县并存。
西晋太康元年（280），西安县改为豫章县。
东晋时艾、西平、西安3县同属江州。
南朝陈永定三年（559），西安县境设豫宁郡，辖艾县、西平县。
隋开皇九年（589），废艾县、西平县、西安县，并入建昌县，治今永修县艾城，属洪都总管府。
唐武德五年（622），复设西平县；武后长安四年（704），设武宁县，辖今武宁、修水、铜鼓3县，治武宁县甘罗村；贞元三年（787），西平县废，十六年（800），分武宁县西高、崇、奉、武、仁、西、安、泰8乡设分宁县，辖今修水、铜鼓2县，治常洲亥市（今义宁镇），属洪州。
北宋初，分宁县更名宁县。
南宋建炎四年（1130），升为义宁军；隆兴元年（1163），复为分宁县，属隆兴府。
元大德五年（1301），升分宁县为宁州，属龙兴路。
明洪武初年（1368），宁州改为宁县，弘治十六年（1503），复宁州，属南昌府。
清沿明制，嘉庆六年（1801），改为义宁州；宣统二年（1910），析上崇乡、上武乡设立铜鼓抚民厅，由义宁州管辖。
1912年，义宁州改名为义宁县。
1913年，废铜鼓厅设县，从义宁县析出。
1914年3月，为避广西义宁县同名改称修水县，隶属省辖，同年，改属浔阳道。
1926年，道废，直属省辖。
1932年，属第二行政区，专署驻武宁；1942年，属第一行政区，专署驻武宁；1942年，属第二行政区，专署驻宜春。
1928-1934年，先后于湘鄂赣边区设立苏维埃政权修铜宜奉县、修武崇通县、修通县、修铜县、平修铜县、修武通县，属湘鄂赣省苏维埃政府管辖。
1949年7月，成立修水县人民政府，属袁州专区；9月，划归九江专区。
1968年属九江地区，1983年7月属九江市管辖至今。