明朝洪武年间，潭口形成集市，称“九牛圩”清末建制，成为赣南四大古镇之一。
经清顺治三年(1646)、成丰六年(1856)等数次兵乱，街道毁尽。
清光绪年间(1875-1908)迁今址，名潭口圩。
1949年前属潭口乡。
1949年属潭口区潭口乡。
合作化时属潭口区潭口乡。
1958年成立卫星公社。
1959年改名潭口公社。
1965年改为县辖镇。
1968年属潭口公社。
1982年复为县辖镇。
1994年6月底，潭口镇和潭口乡合并为潭口镇。
2008年11月28日，委托赣州市经济技术开发区管理。
2013年11月12日，由南康市划入赣州市章贡区管辖。
2016年，委托至赣州蓉江新区管理至今。