双钟镇远在唐、虞、夏、商时代，属扬州南境。
汉在此设鄡阳镇。
三国及晋，隶彭泽县。
南朝刘宋置湖口戌。
南唐昇元二年（938）置湖口县，治鄡阳镇，自此历为县治。
清朝，在此设镇，因境内有上石钟山和下石钟山命名为双钟镇，地名源此并沿用至今。
1949年前，为双钟镇。
1949年，仍称双钟镇，属城关区辖。
1950年置双钟镇，1958年改双钟镇人民公社。
1980年，复称双钟镇，沿用至今。
2001年底，撤销三里乡，划归双钟镇。