1940年10月，属阜宁县抗日民主政权第一区。
1941年10月，改属第二区。
1942年，夏属吉沟区。
1943年初，复属第二区。
1944年末，建立新沟区。
1946年7月，改属第三区，年底改属新第二区。
1947年8月，为新沟区。
1956年2月，并入陈集区。
1957年8月，设立新沟乡。
1958年9月，与陈集乡合并成立陈集先进公社，后改名新沟先进公社。
1959年4月，析出陈集公社。
1983年，复置新沟乡。
1995年6月，撤销新沟乡设立新沟镇。