汉高祖五年（前202），始设无阳县，属武陵郡。
东汉时裁无阳，并入辰阳县。
晋太康年间，以故无阳县地置舞阳县。
晋义熙年间，迁治于故镡成县，南朝宋因之，齐时改舞阳为㵲阳。
梁时改㵲阳为龙檦县。
唐贞观八年（634），以辰州龙檦置巫州，龙檦改龙标，又析龙标置夜郎、朗溪、思微三县。
天授二年（691），改巫州为沅州。
开元十三年（725），沅州复为巫州。
五代长兴三年（932），楚王马希范以叙州潭阳县置懿州。
宋熙宁七年（1074），撤销羁縻州，在懿州新城（今县治）置沅州。
元至元十四年（1277），改为沅州路，领卢阳、黔阳、麻阳三县，属湖广行中书省。
明洪武九年（1376），改府为州，以州治卢阳。
清初置沅州，隶辰州府。
乾隆元年（1736），升沅州为府，属湖南布政使司，增置芷江县附郭。
1912年，裁县存府。
1922年，废辰沅道，芷江直隶于省。
1935年，属芷黔麻晃行政督察区。
1936年，属湖南省第四行政督察区；次年属省第七行政督察区，1940年属湖南省第十行政督察区。
中华人民共和国成立初，芷江县属会同专区。
1952年，芷江专署易名黔阳专区。
1968年，改称黔阳地区。
1981年6月30日，更名为怀化地区，芷江县随隶之。
1986年9月22日，撤销芷江县，设立芷江侗族自治县。
1997年11月29日，怀化地区改设为怀化市，芷江侗族自治县随之改属怀化市。