清朝康熙年间属木瓜沟村，清同治年间属西乡木瓜保。
民国11年属第五区，民国36年将军乡漆沟保。
1948年为漆沟村，1951年土改，为漆沟乡，1956年撤区建社，为店子农业合作社，属五峰区管辖。
1958年人民公社化，为店子大队，属先锋人民公社管辖。
1975年撤区并社，店子大队属陈庄公社管辖。
1980年，陈庄公社更名为将军河公社，店子大队属将军河公社管辖。
1981年，更名为店子沟大队，属将军河公社管辖。
1984年撤社并区，大队改村，更名为店子沟村，属鲍峡区胡家营镇管辖。
1987年撤区建乡，店子沟村属胡家营镇管辖至今。