晚清时期属感化乡；民国时期属第三区；1950年成立钟垸村公所；1953年成立初级合作社；1957年转入高级合作社；1958年9月改为荷叶生产大队，爱国生产大队，属卫星人民公社所辖；1962年荷叶和爱国合并为钟垸生产大队，属隔蒲区；1975年撤区并社时钟垸大队属隔蒲公社所辖；1984年元月正式设立钟垸村民委员会，属隔蒲潭镇。
2021年8月，庙头村港湾、学堂湾2个居民点合并调整到钟垸村，属隔蒲潭镇管辖。