元朝属西乡。
明朝属甘泉里。
清朝域内划为石管铺和郝枧铺。
民国初期域内为西乡，1941年7月域内划为花桥、中和、宁远3个乡，1947年3月花桥乡与中和乡下4保合并为中和乡，中和乡上4保与远宁乡合并为远北乡。
1948年8月域内为南远第四区，辖石桥坪、分乡、雾渡河。
1948年10月将现嫘祖地区西部划为六区。
1949年5月远安县将四区六区合并为荷花区，随后更名为荷花区公所。
1952年7月后又更名为第四区公所。
1955年1月复为荷花区公所。
1956年3月撤消区公所设立县辖荷花、西河、青峰、望家四个管理区。
1959年4月公社化时设荷花区，辖荷花、西河、青峰、望家四个公社。
1975年撤区并社，荷花、西河公社为荷花公社，青峰、望家为望家公社。
1980年荷花公社驻地由苟家垭村迁往分水村原矿务局车队。
1984年3月，荷花公社、望家公社合并为荷花区，镇治随后又从水分村撤回驻苟家垭村。
1985年10月荷花区更名为苟家垭区（镇）。
1987年10月，将区辖荷花乡、盐池河乡、苟家垭镇合并苟家垭镇；青峰、真金、望家三乡镇合并为望家乡。
2001年4月苟家垭镇与望家乡合并为荷花镇。
2014年10月更名为嫘祖镇。