南苑街道旧时称“万寿”（因境内万寿桥得名），清时东湖县按完粮薄改编为5乡38铺，万寿设自然小乡，有9个自然居住村落，属德智乡青草铺管辖。
民国二十四年（1935）4月，青草铺与盘石铺合并，改称盘青乡，属宜昌县第二区管辖。
乡辖内的自然村实行保甲制，万寿编为第6保，属盘青乡管辖。
1949年7月万寿属县政府第八区（土门垭区）白洋乡管辖；1956年5月“万寿”改称“万年”，称万年高级农业合作社，属第五区白洋乡管辖；1958年成立人民公社改名万年大队，属宜昌市郊区东湖人民公社管辖；1961年宜昌县、市区域调整，万年大队复归宜昌县土门区白洋乡管辖；1970年6月万年大队重新划入宜昌市，属窑湾人民公社管辖。
1984年3月宜昌市撤社建乡，组建窑湾乡人民政府，原万年大队改称万年村民委员会，属窑湾乡管辖。
1988年8月宜昌市在万年、周家冲、张家三村境内成立宜昌经济技术开发区，万年村成建制划入，属宜昌经济技术开发区管辖；1993年2月万年村改名为南苑管理区（原村制保留），属宜昌东山开发区领导管理；2012年11月经人民政府批复同意，原南苑管理区改建成立南苑街道办事处，属西陵区人民政府的派出机构，委托宜昌高新区管委会管理。
自此南苑街道作为基层行政区域正式形成。