明朝属麻城县亭川乡辖，清咸丰、光绪年间仍属亭川乡辖，民国属第三区、第四区，东木区辖。
1956年合作化时期为东木区木子店乡雷风二、三社，1958年为东风人民公社木子店六中队，1961年撤区并社前为东木区木子店公社六大队，1975年撤区并社后改为丁家坳公社新河大队，1981年更名为木子店公社邱家垱大队。
1984年2月为木子区木子店乡邱家垱村。
1987年9月为新分设的木子店镇邱家垱村，1993年8月为原木子店镇、东古城乡合并后的木子店镇邱家垱村至今。