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明朝属麻城县亭川乡辖，清咸丰、光绪年间仍属亭川乡辖，民国时期属第三区、第四区，东木区辖。
1956年合作化时期名东木区木子店乡木子店社，1975年撤区并社前名为东木区木子店公社四大队，撤区并社后为丁家坳公社木子店大队，1981年更名为木子店公社木子店大队，1984年2月，为木子店区木子店乡木子店村，1987年9月为分设的木子店镇木子店村，1993年8月为原木子店镇东古城乡合并后的木子店镇木子店村。
2012年4月成立木子店村至今。