原余店街道居委会：明嘉靖年间属惠化乡；清康熙年间属惠化乡；民国时期属余界乡；1949年5月为余店街，属余店区；1953年为余店街工商联，属余店区；1958年成立人民公社，为余店街工商联，属七一人民公社；1959年为余店街工商联，属余店公社；1961年4月恢复区（镇）建制，为余店工商联，属余店区合作公社；1975年2月撤区并社，为余店街，属余店公社；1980年为余店街，属余店公社合作管理区；1983年底设区建乡，为余店街居委会，属余店区西余店镇；1988年为余店街居委会，属余店镇。
原菜园村：明嘉靖年间属惠化乡；清康熙年间属惠化乡；民国时期属余界乡；1949年属余店区；1957年为余店2社，属余店区合作乡；1958年成立人民公社，为余店2大队，属七一人民公社合作管理区；1959年为余店2大队，属余店公社合作管理区；1961年恢复区（镇）建制，为余店2大队，属余店区合作公社；1969年更名为菜园大队，属余店区合作公社；1975年为菜园大队，属余店公社；1980年为菜园大队，属余店公社合作管理区；1983年底设区建乡，为菜园村，属余店区西余店镇；1987年9月撤区并乡，为菜园村，属余店镇。
原徐园村：1983年从余店区西余店镇墩子村分出，成立徐园村，属余店区西余店镇；1987年9月撤区并乡，为徐园村，属余店镇。
2004年撤村并村，原余店街道居委会、菜园村、徐园村合并为余店村，属余店镇；2012年10月更名为余店社区，属余店镇至今。