清初，齐齐哈尔驻有水师营，此地借用水师为名。
是时，水师营一带已有小阿勒街屯、大巴尔虎屯、小巴尔虎屯等，隶属齐齐哈尔副都统管辖。
清末，先后隶属黑水厅和龙江府管辖。
中华民国时期，隶属龙江县管辖。
东北沦陷后期，水师营一带，分隶大民村和小阿拉街村。
1945年“九三”抗日战争胜利后，1946年6月，划归龙东县管辖。
1948年3月撤销龙东县，复归龙江县，隶属第十一区管辖。
1951年7月，划归齐齐哈尔市,隶属农村区管辖,1954年10月改隶榆树屯区。
1956年5月，并村划乡，设置水师营乡。
1958年12月，改称和平人民公社水师管理区。
1961年8月,并入大民农业分社。
1962年从大民农业分社划出设置水师营农业分社。
1965年改为水师营公社,隶属郊区管辖。
1973年划归昂昂溪区管辖。
1984年1月，改为水师营乡。
1990年9月，改设水师营满族镇。
名称沿用至今。