清末，南吕地区为定安县南乡南黎都。
民国十七年至民国三十五年（1928~1946年），属定安县。
民国三十七年（1948年）3月，划归琼中县。
1949年，划归定安县定西特别区辖。
1957年，撤区并乡，设南吕乡。
1958年，与枫木、乌坡合并成立钢铁公社（后改为南吕公社）。
1961年5月，大公社改为小公社，南吕管区成立南吕公社。
1983年12月，恢复区乡建置，称南吕区。
1987年3月，撤区建乡镇，南吕区改称南吕镇。