民国32年（1943年），石阡实行新县制，废除之前的的区级组织，设置乡镇保甲。
设立聚凤甲级乡。
1950年2月行政区划调整，设立三个区18乡镇。
隶属三区。
1950年7月，改置3区为6区1镇。
隶属五区。
1953年，设立白沙区马屯乡。
1958年，马屯乡改称马屯公社；马家屯村改称马家屯大队。
1984年，马屯公社改称马屯乡；马家屯大队改称马家屯村。
期间隶属白沙区马屯乡（公社）1992年“撤并建”，由白沙区的宝龙乡、聚凤乡、马屯乡合并，设置聚凤仡佬族侗族乡。
2003年全县推进“撤小村并大村”工作，马家屯村并入马屯村。
2010年，经石阡县人民政府石府复[2010]70号批准，全乡再次对行政村进行调整，恢复马家屯村。
1991年至今隶属聚凤仡佬族侗族乡。