清朝时期，新棠镇境域属灵山县菩提乡。
光绪十四年（1888年），菩提乡划归钦州。
民国时期，分属那香、长滩两乡。
1951年春，分设新棠等7个乡。
1957年7月，划归钦僮壮族自治县，分属新棠、上汶两乡。
次年秋，并人大寺公社。
同年11月15日，复划归钦县，属小董公社。
1959年6月，分设新棠公社，1984年9月，新棠公社撤改为新棠乡。
1989年，新棠乡设9个村公所、46个村委会。
1993年12月，新棠乡改为新棠镇。