宋皇祐五年（1053）始置崇善县。
刘介《广西县名考原述略》以为其地在边荒，民犷悍，期其自善，因而以此为名，亦情化归诚之意。
1940年四月，崇善县改属第十二行政督察区，1942年三日，崇善县改属第七行政督察区。
1949年12月19日，崇善县解放，属龙州专区。
1950年1月14日，左县解放，属龙州专区。
1952年8月11日，撤销崇善、左县两县，合并设立崇左县。
1953年4月23日，崇左专区与宾阳专区合并置邕宁专区，崇左县因此改属。
1956年3月2日，崇左县改属桂西僮族自治州。
1957年12月20日，崇左县改属邕宁专区。
1958年12月，撤销崇左、扶绥两县，合并置左江县。
1959年5月10日，撤销左江县，恢复崇左、扶绥两县，属南宁专区。
1971年，崇左县改属南宁地区。
2002年12月23日，崇左县改为江州区，隶属地级崇左市。