木格镇建于明正德十五年（1520年），以当地盛产格木而得名。
清代，属于怀东里。
清末民初，设团局。
民国二十三年（1934年），设木格区公所，辖木格、君子、北一、平悦乡。
1950年5月，开始实行县设区，区下辖乡，第十三区政府设于木格，辖木格、君子、平悦乡。
1958年9月，称木格公社。
1984年7月，改称木格镇。
1984年8月31日，将陈索、平悦、黄村、早礼、黄石大队分出另设平悦乡。
2005年10月，平悦乡并入木格镇管辖。