先秦时期属百越之地，唐为钦州辖地；古称闩寨，宋太祖开宝五年（972）改称防城，清光绪十三年（1887）划出钦州西部设置防城县，隶属广东省，民国时期至解放初，属广东省辖。
1949年12月成立县人民政府，县治防城镇。
1957年7月，经国务院批准，将防城县分为防城县、十万山僮族瑶族自治县两个县。
1958年12月1日，两县又合并为东兴各族自治县，县治东兴镇。
1978年11月26日，东兴各族自治县改名为防城各族自治县，县治防城镇。
1993年5月，国务院批准撤销防城各族自治县，设立地级防城港市时设立防城区，区政府驻珠河街道，沿用至今。