深湾村原为古代渔、船民避风停泊的港湾，村民多姓朱，于元代迁来定居。据传说，朱氏三世祖朱中阳迁居南沙深湾村约在元代至顺年间（1330年左右），距今约有663年。1953年深湾村建政时属新建乡一部分；1958年与东井村合为东井大队；1965年从东井析出，为深湾大队；1984年1月至1986年12月为深湾乡人民0；1987年建深湾村民委员会，1993年成立深湾管理区，同年成立广州南沙经济技术开发区深湾发展公司；2002年成立广州南沙经济技术开发区深湾村民委员会；2007年6月成立广州市南沙区南沙街深湾村民委员会。
现有户籍人口170户，503人，外来人口600多人，数据统计截至2009年4月31日。