历史上，先后隶属于南海郡番禺县地（秦）、南海郡博罗县（汉）、宝安县（东晋咸和六年至唐至德二年）、东莞县（唐至德二年至宋开宝四年，宋开宝五年东莞县并入增城县，属广州中都府。
宋开宝六年复置东莞县，属广州中都府至明万历元年），新安县（明万历元年至清康熙五年）、东莞县（清康熙五年至康熙八年、新安县康熙八年至民国二年）、宝安县（民国三年至中华人民共和国成立前）。
1949年10月至1951年属惠阳县第四区；1951年11月至1957年11月属惠阳县第七区；1957年12月至1958年3月属惠阳县大鹏乡；1958年3月至1958年11月属惠阳县大鹏公社；1958年11月至1983年7月属宝安县大鹏公社；1983年7月至1986年10月属宝安县大鹏区；1986年10月至1987年8月属宝安县南澳镇，故1987年8月至2004年8月为南澳镇水头沙村；2004年9月至今改为南澳街道水头沙社区居委会，名称沿用至今。