清朝初年闽南等地渔民迁居于此，从事渔耕。
清康熙二十年（1681）渐成村。
原属澄海县苏湾都。
1921年废都设区。
1949年属苏北区。
1950年与石丁、大围、明德、南砂合称新联乡，属三区。
1958年9月成立澄海县人民公社，属第一支队117团。
1959年属苏北人民公社。
1961年属东陇人民公社，时南洲、明德、大围、石丁合称南洲生产大队。
1971年9月，南洲生产大队调整为南洲、明德、大围、石丁4个生产大队，属东里人民公社。
1980年属东里镇。
1984年1月设南畔洲管理区。
1986年11月设南畔洲村。
1990年9月设南畔洲管理区。
1998年9月设南畔洲村，沿用至今。