唐末宋初始有先民定居于此。
北宋至清初，文祠属海阳郡登瀛都。
清至民国期间称登荣都。
民国三年（1914年）后，改为潮安县登荣区。
民国十九年（1930年），属潮安县荣意区，与意溪合并。
民国三十五年（1946年)，与意溪分拆，属潮安县登荣乡。
1949年，又与意溪合并称荣意区。
1950年，荣意区称第三区人民政府。
1952年，拆三区，文祠建制为文祠区人民政府，期间辖属村变更繁迭。
1958年9月，再与意溪并置意溪人民公社。
1961年4月，与意溪分拆，成立公社。
1980年，称文祠公社管理委员会。
1983年11月，改置文祠区公所，辖下大队称乡。
1987年2月，改为文祠镇人民政府。
1992年，后属潮安县。
2013年6月28日，国务院批准调整潮州市部分行政区划，撤销潮安县，设立潮安区，文祠镇属潮安区。