中华民国时期，属陕甘宁边区新宁县第五区第三乡。
当时南仓村的社火搞得十分热火，民国33年（1944）11月，村长刘志仁出席陕甘宁边区文教英雄大会，荣获“特等艺术英雄”称号，边区政府主席林伯渠给他颁发了“新秧歌运动的旗帜”奖状，毛泽东还接见了他，送给他一条毛毯。
中华人民共和国成立后，南仓村先后隶属常家沟门乡，湘乐乡；1958年成立南仓大队，属湘乐公社；1974年，从南仓大队析出北仓大队；1983年政社分设时更名为南仓村，属湘乐乡；1985年撤乡建镇，属湘乐镇。